东港杂色蛤生长迅速，养殖周期短，适应性强（广温、广盐、广分布），离水存活时间长，是一种适合于人工高密度养殖的优良贝类，是中国四大养殖贝类之一。

把杂色蛤从吐沙池内取出后，还要进行清洗。清洗的要求是把壳上的泥沙和污物全部洗净。把洗净后的杂色蛤进行蒸或煮。为保证真空杂色蛤的出成率和等级率，根据经验一般八成熟为好。蒸煮杂色蛤肉的脱壳方法有两种，一种是用脱壳机进行脱壳，一种是用手工脱壳。用手工脱壳时，将蒸煮出锅的杂色蛤倒入塑料周转筐中，直接用清水冲洗冷却，使蛤肉快速凝固，以提高出成率。控水后倒在不锈钢工作台上，手工脱壳取肉。在脱壳过程中应搞好加工车间卫生，工作人员的工作服、工作帽要清洁并穿戴整齐。在脱壳过程中要尽量保持蛤肉完整。

尽管蛤仔有保护壳，但是在筛选和分类过程中如不小心，贝壳亦会破裂。在苗种的预养成期可采用上升流式的育苗系统，直至壳长达到10-15mm。稍大的蛤仔（6-7mm）则装入4mm网目的袋子，按3000/ m²放置在海床上。养成前期的其他养殖方法包括按10000/ m²密度将4-5mm苗种放在用塑料网覆盖的木框中，置于水下（在意大利）；或装入网袋放在处于低大潮周围地区的支架上（在爱尔兰）。放养密度随蛤仔的生长而逐渐减小。在育苗期，须对养成设施进行清洗，对蛤仔进行分级，并清除诸如蟹之类的敌害。尽管在养成初期可采用盘式养殖，但是蛤仔在土壤中生长更好。

在加工和销售前通常对它们进行湿储藏，以便清除沙子。可以在出售前将它们放入塑料网袋，或在池中，或挂在湿储藏筏上，置于低潮间带地区进行较长时间的储藏。